从1998年至今，生物所相继出版了《中国濒危动物红皮书—两栖类和爬行类》、《中国动物志—蛇亚目》、《中国动物志—蜥蜴亚目》和《中国蛇类》上、下卷等四部专著； 编著了“Taxonomic Bibliography of Chinese Amphibia and Reptilia, including Karyological Literature”和《四川爬行类原色图鉴》两部工具书；编印了《地灵人杰—刘承钊教授在四川》、《两栖爬行动物多样性及保护生物学研究专辑》第一辑、第二辑和《Proceedings of the First Asian Herpetological Meeting》等论文集；主编了代表我国分类学最高水平的《中国动物志—爬行纲》（1—3卷）和《中国动物志—两栖纲》；主办了《Asiatic Herpetological Research》（英文版)。这些专著、工具书和论文集进一步充实了中国两栖爬行动物分类、区系及系统学的基础；为开展两栖爬行动物系统学和动物地理学的研究提供了重要参考。　

　　在原有基础上，对我国两栖爬行动物分类和系统发育及动物地理学等问题开展了从群体、个体、细胞、分子等不同层次的多学科交叉的深入研究，取得了丰硕的成果。如对沙蜥属的研究揭示了该类群分布的阻限因子和独特的染色体组型；重建了中国沙蜥属的系统发育关系，探讨了沙蜥属卵胎生类群的起源、分化方式和分布格局形成机制。对麻蜥属的研究发现中国麻蜥属有三种特征分明的染色体组型，没有性异型染色体，提出虫纹麻蜥核型演化的假说。

　　通过中国蛙科系统学的研究，修订了Dubois（1992）有关棘蛙族的分类地位，从原隶蛙亚科改隶叉舌蛙亚科，把倭蛙属归隶于棘蛙族。

　　通过对西部小鲵研究，发现原山溪鲵属、北鲵属均为并系；中国境内四川盆地周缘山区的小鲵动物为一单系群，由山溪鲵、巴鲵和拟小鲵等三大支组成；确定西部小鲵动物群中有多个隐存物种存在，现已正式发表山溪鲵属隐存种１种；提出原有的属一级的划分需要重新考虑的建议；推测中国西部小鲵的现今分布格局可能由两次分替式物种形成而就。

　　通过对角蟾科的研究表明，短肢角蟾为有效种，腺角蟾、沙坪角蟾与宽头短腿蟾可能隶属3个不同的属。对该科的角蟾属、异角蟾属等13个属进行了订正。建立了原鲵亚科和小狭口蛙亚科两个新亚科，原拇指树蛙属等 6个新属或亚属，发现南江齿蟾等32个新物种或新亚种。