生物所利用高新生物技术选育高效菌种、并结合先进的反应器型式，研究并开发出适合于难降解有机工业废水的高新生物处理技术及设备。该成果获2003年国家科技进步二等奖。

　　研究中改进了高效微生物的选育技术，针对油脂化工废水、制药废水和焦化废水选育了多株高效降解菌；开发了适合高效菌株附着的SNP球型填料、陶瓷填料、半软性填料以及适于固定化微生物反应器的高效生物反应器；首次通过试验验证了高效微生物经过固定化后，可有效地截留在反应器中并保持其活性，并实现了工程应用。

　　首次开发了厌氧与好氧膜-生物反应器相组合的毛纺印染废水处理新工艺；研制了可连续自动运行和控制的分置式膜-生物反应器和一体式膜-生物反应器中试成套设备各一套；首次建立了系统的、可用于膜-生物反应器设计和运行管理的膜污染发展模型。

　　以厌氧-好氧的组合为主体单位，开发了新型的铁还原-厌氧-好氧活性污泥（投加活性炭）法和SBR与高效功能菌结合的SBRK新工艺，分别建立了处理混合化工和石化废水的示范工程。

　　建立了硫酸盐还原菌的筛选和培养技术。证明加入纯种硫酸盐还原菌后，可使反应器进水硫酸盐负荷和承受浓度均有较大提高；首次获得了在COD/SO4-=0.5极端条件下厌氧反应器的运行规律；开发了可回收酵母资源并经济可行的高含硫有机工业废水处理新工艺。

　　建成示范工程七项，中试装置两座并通过工程运转解决了企业废水处理的难题，取到了良好的经济、环境与社会效益。为全面解决难降解有机工业废水的污染提供了技术支持及工程示范。

　　研究的工艺用于四川泸天化集团油脂化工厂日处理500～1500m3脂肪酸和脂肪胺类废水的处理。从1998年投产运行至今，经当地环保部门监测表明，处理出水COD、BOD、pH、SS、NH3-N等指标均达到或优于国家《污水综合排放标准》  （GB8978-1996）的一级标准。